FreePBX16 (15からか？) で、SIP プロトコルである chan_sip が使えなくなったようです。
chan_sip は新しいアップデートに際し変換が困難な ためのようです。須らく chan_pjsip を使えとのお達しみたいですね。extension の変換は extension のオプションからできるようですが、custom trunk が困難。で、コマンドラインから以下を実行

fwconsole convert2pjsip -a

これで custom trunk などの sip を pjsip に変換してくれます。